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一、歷史沿革
「清金門鎮總兵署」原是明萬曆辛丑年(西元1601年)進士許獬讀書的地方，名為「叢青軒」，清康熙十九年 (西元 1680 年) 設金門鎮總兵署，首任總兵陳龍，考量金門城經歷明末多次兵禍， 原有的千戶所城已不能使用，而后浦人丁旺盛等因素，在康熙廿一年將總兵署從金門城遷到此處，之後經過多次改建，規模也屢有擴大，後來兩側有部分拆除始成現在規模。


民國四年金門設縣，地方民眾俗稱「衙門」的總兵署，為金門最高行政中心，歷經金門縣公署、金門縣政府、行政公署、金門防衛部、福建省政府、金門戰地政務委員會、自衛總隊部、警察局、臨時縣議會、行政院處理試辦兩岸通航事務金門行政協調中心等機關進駐辦公。八十五年四月動工規劃整修，使得原貎得以修復。

二、建築特色
為縣定古蹟，最大的特色是保留前清衙門形式。總兵署,有正堂,有貯糧庫，有官廳和案牘祠，廊分列吏、戶、禮、兵、刑、工六部房，前有儀門,儀門前是大門，形制極為完整。氣勢宏偉的頭門，以及大堂、川堂、內署、內宅、廂房，為四進式兩廊式閩南四合院。


總兵署前有寬闊的廣場，民間習稱為「衙門口」。院內榕樹遮蔭，庭院深邃，後院的「金門樹王」是全東南亞最大的木棉樹，樹齡約三百多年了。

三、展示內容

規劃後的總兵署，除大堂、內署明間、內宅明間以臘像重現昔日意象外，其餘各室規劃為總兵署的相關資料展示，各間展示內容如下：
◆ 東科房(1)：原是吏、戶、禮科房，現作為金門歷史源流與金門古代防務展示。
◆ 東科房(2)：原是吏、戶、禮科房，現作為金門歷任總兵在金門的事蹟及金門籍武將事略展示區。
◆ 東將裨廳(1)：叢青軒原主許獬的事蹟與金門防海圖。

• 內宅左次間：清代武試意境展示。
• 內宅明間：清代總兵家居會客情境-語音摸擬以臘像仿製總兵與夫人閒話家常的生活情境。
• 內宅右次間：清代水師任務展示。
• 內署右次間：清代兵制武職階序展示。

◆ 內署明間：總兵與部屬議事情境-語音情境摸擬復原營年總兵召集部屬 幕僚商討事情的臘像情境。
◆ 內署左次間：清代旗幟與武官服。


◆ 東室：原為貯餉庫，整建後分陳列兩部份：
(1)軍令、印信展示。
(2)清代的誥敕與封贈制度及規制表。
◆ 大堂：衙署大堂案桌及堂內擺設-是處理重要政務主要場所也是主持審判的地方。
◆ 西室：原是貯藏王命及書籍之所，今連同地下室作為牢房及清代軍法與刑具 。
◆ 大堂東西室展示館:地下牢房有臘像陳列。

• 西耳房(1)：清代水師兵器展示。
• 西將裨廳(1)：清代水師戰船展示。
• 西將裨廳(2)：清金門總兵署建築演變及模型展。
• 西科房(2)：原為兵、刑、工科房-現改為旅遊服務咨詢中心(內有販賣文化局書籍供遊客休憩閱讀)。