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燕南書院是宋朝學者朱熹在金門的講學處，也是金門最早的文教聖地，此舉亦帶動了當地的文學風氣，讓金門在明、清兩代時產生了不少進士。明朝末期時，燕南書院則改為太文巖寺，主要奉祀黑面清水祖師爺，並和太武山海印寺、田浦城隍廟、金城南門香蓮廟、庵前恩主公廟，合稱金門五大名廟。

燕南書院內部為「回」字型的設計，正殿供奉黑面清水祖師爺，後殿中央則奉祀文昌帝君、朱熹、魁星爺等和學業考試相關的神明，左右的廂房則規劃了藝文展覽及活動空間，可以讓遊客欣賞書法作品及閱覽書籍。在書院外的廣場還設有一面超大型書卷的裝置藝術，特別的樣式也成為金門另類的打卡點。此外，燕南書院挑高的地勢，也是飽覽金門城區及廈門市景的好地方。