燕南书院是宋朝学者朱熹在金门的讲学处，也是金门最早的文教圣地，此举亦带动了当地的文学风气，让金门在明、清两代时产生了不少进士。明朝末期时，燕南书院则改为太文岩寺，主要奉祀黑面清水祖师爷，并和太武山海印寺、田浦城隍庙、金城南门香莲庙、庵前恩主公庙，合称金门五大名庙。

燕南书院内部为「回」字型的设计，正殿供奉黑面清水祖师爷，後殿中央则奉祀文昌帝君、朱熹、魁星爷等和学业考试相关的神明，左右的厢房则规划了艺文展览及活动空间，可以让游客欣赏书法作品及阅览书籍。在书院外的广场还设有一面超大型书卷的装置艺术，特别的样式也成为金门另类的打卡点。此外，燕南书院挑高的地势，也是饱览金门城区及厦门市景的好地方。